مرور درختی موضوعات | کتابخانه مجازی الفبا

تعاملات بین ژن‌ها، پروتیین‌ها و مواد دیگر در سلول، تشکیل یک شبکه‌ی پیچیده می‌دهند که نقش مهمی در عملکرد درست سلول بازی می-کند. مدلسازی شبکه‌های ژنی می‌تواند در زمینه‌های مختلف مانند شناسایی بیماری‌های ژنتیکی، انتخاب کاندیداهای ژن‌درمانی و به‌دست‌آوردن ایده‌هایی در مورد عملکرد ژن‌های ناشناخته کاربرد داشته باشد. روش آزمایشگاهی میکروآرایه‌های DNA امکان اندازه‌گیری همزمان بیان هزاران ژن را فراهم می‌کنند. به دلیل نویزی بودن داده‌های میکروآرایه و طبیعت احتمالاتی شبکه‌های بیزین و بیزین دینامیک و لذا توانایی آنها در کار با این‌گونه داده‌ها، در مطالعه‌ی حاضر از آنها برای مدلسازی روابط علّی میان ژن‌ها استفاده شده است. یک مسأله‌ی اساسی در مورد یادگیری این شبکه‌ها، افزایش فوق‌نمایی تعداد ساختارهای ممکن شبکه، با افزایش تعداد گره‌های آن است. به‌علاوه تعداد زیاد ژن‌ها (ویژگی) و تعداد کم نقاط زمانی (نمونه) در داده‌های میکروآرایه، مساله‌ی یادگیری را مشکل‌تر می‌سازد. برای حل این مساله، در مطالعه‌ی حاضر از خوشه‌بندی ژن‌ها استفاده شده است؛ به این‌صورت که در ابتدا ژن‌ها، بر اساس اطلاعات بیولوژیکی موجود در مورد آنها (اُنتولوژی ژن) به گروه‌هایی تقسیم شده و سپس از مدل‌های BN و DBN برای مدلسازی روابط علّی ژن‌ها در هر خوشه استفاده شد. با توجه به همپوشانی بین خوشه‌ها، از ترکیب زیرشبکه‌های حاصل، یک شبکه‌ی سراسری از ژن‌های موردبررسی ایجاد می‌شود. مزایای این روش خوشه‌بندی، استفاده از اطلاعات بیولوژیکی به جای معیارهای آماری که لزوماً از نظر زیستی معنادار نیستند، ایجاد خوشه‌هایی از ژن‌هایی که واقعاً با هم همکارند و تعیین خودکار تعداد خوشه‌ها بر اساس اطلاعات بیولوژیکی، می‌باشد. با این تکنیک، امکان مدلسازی روابط بین تعداد زیادی ژن فراهم می-شود؛ در حالی‌که در اکثر کارهای انجام‌شده، ارتباطات بین تعداد کمی از ژن‌ها مدلسازی می‌شوند. با توجه به این‌که داده‌های مورد استفاده، سری‌زمانی‌اند و در BN اطلاعات زمان وجود ندارد، در این پایان‌نامه با استفاده از همبستگی بین پروفایل‌های بیان ژن‌ها و شیفت آنها، به نحوی اطلاعات زمانی در این شبکه وارد شد. مقایسه‌ی نتایج حاصل از مدل BN با و بدون استفاده از اطلاعات همبستگی، نشان می‌دهد که این کار نتایج حاصل را بهبود می‌دهد (افزایش صحت بازسازی ارتباطات از %66 به %72 و بهبود حساسیت با افزایش تعداد ارتباطات بازسازی‌شده در مدل از 70 به 101). در مدل DBN مرتبه‌ی r مورد استفاده، علاوه بر ارتباطات بین ژن-ها، تاخیر زمانی متناظر با هریک (از صفر تا r) نیز ایجاد میگردد.

خوارج به عنوان یکی از گروه های موثر در حوادث قرون اولیه هجری، برای نخستین بار در دوره خلافت امام علی (ع) و در جنگ صفین به عنوان یک فرقه مستقل پدیدار گشتند و به مخالفت با حکمیت برخاستند. با انتقال خلافت به امویان، خوارج قیام های متعددی بر ضد بنی امیه برپا کردند. به همین سبب، تحت تعقیب حکام اموی قرار گرفتند و به ناچار فعالیت های خود را به مناطق دور از مرکز خلافت ازجمله مناطق جنوب شرقی ایران و سیستان انتقال دادند. خوارج که در سیستان به کمک مردم بومی این منطقه حدود سه قرن فعالیت های نظامی خود را در برابر امویان و عباسیان ادامه دادند؛ اما در نهایت نتوانستند موجودیت خود را در این منطقه تداوم بخشند و در میان بومیان استحاله شدند. پرسش اساسی این است که چرا تفکر خارجی گری در سیستان پایدار نماند؟ به نظر می رسد، عوامل ناکامی ایشان عبارتند از: رویه خشونت و ترور خوارج، سرکوب آنها توسط امویان، تقدم بازوی مبارزاتی خوارج بر بازوی عقیدتی آنها و ناتوانی خوارج در همسویی با فرهنگ بومی سیستان.

‫يکي از نتايج جنگ صفين پيدايش و شکل‌گيري جريان خوارج بود که با اعتقادات و باورهاي سخيف و به‌دور از عقلانيت خود مشکلات و بحران‌هاي فراواني را فراروي جامعه اسلامي پديد آوردند. اين رساله به تبيين و بررسي خاستگاه، باورها و پيامدهاي خوارج از زمان پيامبر(ص) تا پايان حکومت امويان پرداخته، و بسترهاي اجتماعي شکل‌گيري جريان خوارج، و مباني فکري آن‌ها را مورد تجزيه و تحليل قرار داده است. تفکر خارجي‌گري در زمان پيامبر اسلام(ص) ، و ميان برخي از قبايل چون بني‌تميم به‌وجود آمد و پس از رحلت پيامبر و شکل‌گيري جريان سقيفه ـ که مي‌توان از آن به‌عنوان اولين چالش کلان سياسي و اجتماعي که موجب زنده‌شدن تعصبات قبيله‌اي و تفاخرات قومي گرديد، ياد نمود ـ پديده خارجي‌گري به شکل خطرناکي گسترش يافت و بعدها عواملي چون زندگي قبيله‌اي، ساختار ناهمگون شهر کوفه، عصبيت‌ها، ضعف اعتقادي و بازگشت به ارزش‌هاي جاهلي موجب رشد بيشتر آن شد. باورها و اصول خوارج با تأکيد بر نگرش کلامي و اعتقاد به اين امر که "حکم تنها از آن خداست" در جريان حکميت تبلور يافت و شکل تعصب سخت و قشري‌گرايي به خود گرفت و با شعار "لا حکم الا لله"، امامت را به کلي نفي نمود. خوارج نظرات متفاوتي درباره خلافت و احکام ديني ارائه دادند. ديدگاه‌هاي فقهي خوارج در خشونت و سخت‌گيري، کمتر از ديدگاه کلامي آنان نيست. آنان قتل کودکان و زنان مخالفين را حلال، و مسلمانان غيرخارجي را مرتد و واجب القتل مي‌پنداشتند، و شورش عليه والي ستمگر را وظيفه هر خارجي قلمداد مي‌کردند. تفکرات آنان در عرصه‌هاي فرهنگي، سياسي، اجتماعي و اقتصادي پيامدهاي زيان‌باري داشت که بدعت‌گرايي و سنت‌ستيزي، گسترش گمراهي، فروپاشي ارزش‌ها، خشونت‌گرايي و گسست جامعه اسلامي از جمله اين پيامدهاست.

---