جستجوي پيشرفته | کتابخانه مجازی الفبا

کشف کمپلکس‌ها‎‎ی پروتئین‎‎ در شبکه‌های‎‎ برهمکنش پروتئینی یکی از مسائل مهم در زیست‌شناسی محاسباتی است.‎‎ ‎‎روش‌‌های‎‎ محاسباتی ‎‎موجود برای کشف کمپلکس‌ها‎‎ عمدتا‎‎ً بر شبکه‌ها‎‎ی برهمکنش پروتئینی ایستا اعمال می‌شو‎‎ند. درحالی‌که‎‎، پروتئین‌ها‎‎ و ‎‎برهمکنش بین آن‌ها‎‎ در واقعیت ماهیت پویا دارند. در این پایان‌نا‎‎مه‏، کشف کمپلکس‌ها‎‎ی پروتئینی پویا در دو فاز صورت می‌گیرد.‎‎ ‎‎فاز اول‎‎‏، مربوط به شناسایی هسته‌ها‎‎ی کمپلکس‌ پروتئینی است. در این فاز با استفاده از داده‌های‎‎ شبکه‌ی‎‎ برهمکنش پروتئینی و داده‌ها‌ی سری‌ زمانی بیان ژن، هسته‌ها‎ ‎تعیین‎ می‌شوند. تعیین هسته‌ها با شروع از پروتئین‌هایی است که دارای حداقل پویایی در داده‌های سری زمانی هستند و سپس این دانه‌ها با در نظر گرفتن چگالی مناسب زیر گراف حاصل‏، گسترش می‌یابند. در نهایت با استفاده از ساختار هستی‌شناسی‏، هسته‌های اولیه غربال می‌شوند. در فاز دوم‏، کمپلکس‌های‎‎ پروتئین نهایی از گسترش هسته‌ها‎‎ ایجاد می‌شوند ‎‎‎که این گسترش با افزودن پروتئین‌های الحاقی صورت می گیرد.پروتئین‌های الحاقی از میان خوشه‌هایی انتخاب می‌شوند که از برهمکنش‎‎‎‌های پروتئین‌های‎‎ پویا‏ی هر یک از فازهای چرخه‌ی‎‎ سلولی‏، تشکیل شده‌اند. در پایان، کمپلکس‌ها‎‎ی پروتئین نهایی‎‎ با کمپلکس‌ها‎‎ی پروتئین تولید شده به روش تصادفی مقایسه‎‎ و نتایج ارزیابی می‌شوند.