جستجوي پيشرفته | کتابخانه مجازی الفبا

تعاملات بین ژن‌ها، پروتیین‌ها و مواد دیگر در سلول، تشکیل یک شبکه‌ی پیچیده می‌دهند که نقش مهمی در عملکرد درست سلول بازی می-کند. مدلسازی شبکه‌های ژنی می‌تواند در زمینه‌های مختلف مانند شناسایی بیماری‌های ژنتیکی، انتخاب کاندیداهای ژن‌درمانی و به‌دست‌آوردن ایده‌هایی در مورد عملکرد ژن‌های ناشناخته کاربرد داشته باشد. روش آزمایشگاهی میکروآرایه‌های DNA امکان اندازه‌گیری همزمان بیان هزاران ژن را فراهم می‌کنند. به دلیل نویزی بودن داده‌های میکروآرایه و طبیعت احتمالاتی شبکه‌های بیزین و بیزین دینامیک و لذا توانایی آنها در کار با این‌گونه داده‌ها، در مطالعه‌ی حاضر از آنها برای مدلسازی روابط علّی میان ژن‌ها استفاده شده است. یک مسأله‌ی اساسی در مورد یادگیری این شبکه‌ها، افزایش فوق‌نمایی تعداد ساختارهای ممکن شبکه، با افزایش تعداد گره‌های آن است. به‌علاوه تعداد زیاد ژن‌ها (ویژگی) و تعداد کم نقاط زمانی (نمونه) در داده‌های میکروآرایه، مساله‌ی یادگیری را مشکل‌تر می‌سازد. برای حل این مساله، در مطالعه‌ی حاضر از خوشه‌بندی ژن‌ها استفاده شده است؛ به این‌صورت که در ابتدا ژن‌ها، بر اساس اطلاعات بیولوژیکی موجود در مورد آنها (اُنتولوژی ژن) به گروه‌هایی تقسیم شده و سپس از مدل‌های BN و DBN برای مدلسازی روابط علّی ژن‌ها در هر خوشه استفاده شد. با توجه به همپوشانی بین خوشه‌ها، از ترکیب زیرشبکه‌های حاصل، یک شبکه‌ی سراسری از ژن‌های موردبررسی ایجاد می‌شود. مزایای این روش خوشه‌بندی، استفاده از اطلاعات بیولوژیکی به جای معیارهای آماری که لزوماً از نظر زیستی معنادار نیستند، ایجاد خوشه‌هایی از ژن‌هایی که واقعاً با هم همکارند و تعیین خودکار تعداد خوشه‌ها بر اساس اطلاعات بیولوژیکی، می‌باشد. با این تکنیک، امکان مدلسازی روابط بین تعداد زیادی ژن فراهم می-شود؛ در حالی‌که در اکثر کارهای انجام‌شده، ارتباطات بین تعداد کمی از ژن‌ها مدلسازی می‌شوند. با توجه به این‌که داده‌های مورد استفاده، سری‌زمانی‌اند و در BN اطلاعات زمان وجود ندارد، در این پایان‌نامه با استفاده از همبستگی بین پروفایل‌های بیان ژن‌ها و شیفت آنها، به نحوی اطلاعات زمانی در این شبکه وارد شد. مقایسه‌ی نتایج حاصل از مدل BN با و بدون استفاده از اطلاعات همبستگی، نشان می‌دهد که این کار نتایج حاصل را بهبود می‌دهد (افزایش صحت بازسازی ارتباطات از %66 به %72 و بهبود حساسیت با افزایش تعداد ارتباطات بازسازی‌شده در مدل از 70 به 101). در مدل DBN مرتبه‌ی r مورد استفاده، علاوه بر ارتباطات بین ژن-ها، تاخیر زمانی متناظر با هریک (از صفر تا r) نیز ایجاد میگردد.

---

‫يکي از نتايج جنگ صفين پيدايش و شکل‌گيري جريان خوارج بود که با اعتقادات و باورهاي سخيف و به‌دور از عقلانيت خود مشکلات و بحران‌هاي فراواني را فراروي جامعه اسلامي پديد آوردند. اين رساله به تبيين و بررسي خاستگاه، باورها و پيامدهاي خوارج از زمان پيامبر(ص) تا پايان حکومت امويان پرداخته، و بسترهاي اجتماعي شکل‌گيري جريان خوارج، و مباني فکري آن‌ها را مورد تجزيه و تحليل قرار داده است. تفکر خارجي‌گري در زمان پيامبر اسلام(ص) ، و ميان برخي از قبايل چون بني‌تميم به‌وجود آمد و پس از رحلت پيامبر و شکل‌گيري جريان سقيفه ـ که مي‌توان از آن به‌عنوان اولين چالش کلان سياسي و اجتماعي که موجب زنده‌شدن تعصبات قبيله‌اي و تفاخرات قومي گرديد، ياد نمود ـ پديده خارجي‌گري به شکل خطرناکي گسترش يافت و بعدها عواملي چون زندگي قبيله‌اي، ساختار ناهمگون شهر کوفه، عصبيت‌ها، ضعف اعتقادي و بازگشت به ارزش‌هاي جاهلي موجب رشد بيشتر آن شد. باورها و اصول خوارج با تأکيد بر نگرش کلامي و اعتقاد به اين امر که "حکم تنها از آن خداست" در جريان حکميت تبلور يافت و شکل تعصب سخت و قشري‌گرايي به خود گرفت و با شعار "لا حکم الا لله"، امامت را به کلي نفي نمود. خوارج نظرات متفاوتي درباره خلافت و احکام ديني ارائه دادند. ديدگاه‌هاي فقهي خوارج در خشونت و سخت‌گيري، کمتر از ديدگاه کلامي آنان نيست. آنان قتل کودکان و زنان مخالفين را حلال، و مسلمانان غيرخارجي را مرتد و واجب القتل مي‌پنداشتند، و شورش عليه والي ستمگر را وظيفه هر خارجي قلمداد مي‌کردند. تفکرات آنان در عرصه‌هاي فرهنگي، سياسي، اجتماعي و اقتصادي پيامدهاي زيان‌باري داشت که بدعت‌گرايي و سنت‌ستيزي، گسترش گمراهي، فروپاشي ارزش‌ها، خشونت‌گرايي و گسست جامعه اسلامي از جمله اين پيامدهاست.

‫عنوان پژوهش »بازشناسى خوارج« مى‏باشد. در بخش اوّل: درباره جذور تاريخى جريان خوارج، نقد وبررسى احاديث منسوب به پيامبر اسلام در مورد پيدايش اين فرقه، دور از انصاف بودن عقيده همسانى شيعه وخوارج ونيز تحليل خوارج به عنوان جريانى در حوزه تفكر دينى اشاره نموده‏ايم. در بخش دوم: ضمن بيان تأثير زندگى قبيله‏اى، فتوحات خارجى وپيوستن نسلى ناآشنا با محتواى اسلام به جمع مسلمانان، تاريخ پيدايش كوفه وتركيب جمعيت اين شهر ونقش رهبران قبيله‏اى ونيز نقد وبررسى ارتباط قراء با خوارج خواسته‏ايم عوامل اجتماعى، فرهنگى وذهنى كه باعث ايجاد شك وترديد در جامعه وظهور خوارج شد را بررسى نماييم. در بخش سوم: به طور كلى بحث بر اين محور متمركز شده است كه پيدايش تفكر خوارج صرفاً زاييده جنگ صفين نيست، بلكه عوامل وعناصر سياسى كه ريشه در گذشته داشت، در شكل‏گيرى شخصيت خوارج مؤثر بود. از جمله اين عوامل عبارتند از: تأثير سقيفه در شكل‏گيرى بحرانهاى جديد، توطئه خزنده امويان ساير احزاب جهت كسب قدرت، دوران عثمان، بهره بردارى سياسى معاويه از قتل عثمان ونقش اشعث ابن‏قيس وعمرو بن عاص در تحميل حكميت بر امام (ع). در بخش چهارم: به القاب ونامهاى خوارج، فرق واصول مشترك بين آنها اشاره نموده‏ايم وچون اباضيه تنها گروه بازمانده از خوارج هستند به تفصيل در مورد آراى كلامى وتفسيرى آنها، تفاوت انديشه آنها با معتزله ومرجئه ونيز برخى از ديدگاههاى فقهى آنها بحث نموده‏ايم. در بخش پنجم: ضمن بيان نحوه جدا شدن خوارج از سپاه على (ع) در جنگ نهروان ومختصرى از تاريخ جنگهاى آنها به مواضع وديدگاههاى امام (ع) در قبال خوارج و كالبد شكافى شخصيت و صفات خوارج اشاره نموده‏ايم.