جستجوي پيشرفته | کتابخانه مجازی الفبا

پروتئین‌ها‎ مولکول‌های زیستی پراهمیتی هستند که فعالیت‌های مختلفی را در بدن موجودات زنده انجام می‌دهند. آن‌ها معمولا برای انجام فعالیت‌های خود به یکدیگر متصل می‌شوند یا به اصطلاح با یکدیگر برهمکنش‏‎ دارند. یک شبکه‌ی برهمکنش پروتئین‎، در یک گونه‌ی خاص از جانداران پروتئین‌های آن گونه و برهمکنش بین آن‌ها را نشان می‌دهد.یک کمپلکس پروتئینی‎، اجتماعی از پروتئین‌ها است که باهم برهمکنش داشته و عمل زیستی خاصی را انجام می‌دهند. مسأله‌ی کشف این کمپلکس‌ها در شبکه‌های برهمکنش پروتئین، در دهه‌ی اخیر بسیار مورد توجه محققین بوده است. از سال ‎2002‎ تا کنون روش‌های بسیاری با رویکردهای گوناگون برای حل این مسأله ارائه شده است. معمولا در این روش‌ها شبکه‌های برهمکنش پروتئین با استفاده از گرا‏ف‎‎‎ مدل شده و زیرگراف‌های چگال‎ به عنوان کمپلکس‌های پروتئین در نظر گرفته می‌شوند. برهمین اساس تقریبا‏ً تمامی این روشها ‎‎‏مبتنی بر مفاهیم نظریه‌ی گراف می‌باشند.روش‌هایی که تنها با استفاده از مفاهیم نظریه‌ی گراف سعی در حل مسأله دارند به دلیل نادیده گرفتن جنبه‌های زیستی آن‏، معمولاً دقت بالایی ندارند. به همین دلیل در سال‌های اخیر محققیقن تلاش کرده‌اند تا با دخالت دادن برخی اطلاعات زیستی، الگوریتم‌های بهتری را ارائه دهند. با توجه به نوع مفاهیم زیستی به کار رفته، این روش‌ها به چهار گروه زیر دسته بندی می‌شوند:1.